Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dipimpin oleh seorang Ketua Program Studi yang bertanggung jawab langsung kepada Ketua STIT Hamzah Fansuri dan dibantu oleh seorang Sekretaris Program Studi (Statuta STIT Hamzah Fansuri, Pasal 29).
| Ketua Program Studi | Eka Safliana, M.A |
| Sekretaris Program Studi | Sabarita Banurea, M.A |
| Penasihat Akademik | Dosen tetap Program Studi PAI |
Program studi terdiri atas Ketua dan Sekretaris Program Studi, laboratorium, dan dosen (Pasal 31). Untuk menjaga mutu akademik lulusan, Ketua Program Studi membentuk tim akademik yang berkoordinasi dengan Lembaga Penjamin Mutu (Pasal 32).
Profil, visi dan misi, serta kurikulum program studi dapat dilihat di halaman Program Studi Pendidikan Agama Islam. Daftar dosen tersedia di halaman Dosen.